GPEI的大部分努力集中于探究仅来自阿富汗、巴基斯坦和尼日利亚3个国家的脊髓灰质炎病毒，该病毒在这些地方的传播从未停止。但是，脊髓灰质炎病毒的惊人暴发时常发生在该疾病已经被消灭且疫苗接种率出现下降的地区，这耗费了该项目宝贵的时间、金钱和公信力。去年，除了这3个位于非洲之角的国家外，还有5个国家遭受小儿麻痹症的袭击，致使总病例数达到407例，高于2012年223例的历史低点。
人们本应该看到根除小儿麻痹症局面的到来。然而，去年索马里、埃塞俄比亚和肯尼亚小儿麻痹症大暴发让全球根除小儿麻痹症计划（GPEI）措手不及。人们原以为这些国家已经清除了小儿麻痹症。一个负责保持根除工作有序进行的颇具影响力的外部专家委员会表达了他们的意见。
以其一贯的直率风格，独立监测委员会（IMB）抨击了根除计划：“非洲之角的疫情暴发揭露了该项目对预防工作的惊人忽视。”IMB在2013年10月的一份报告中提到，“由于未能处理危险信号过剩问题，该项目仿佛是在‘保持侥幸’的理念下运作的”。
作为回应，GPEI近日公布了一个精心制作的“红色名单”，涉及灾难性小儿麻痹症暴发风险最大的前10个国家，以便将根除计划的有限资源集中在一起。但IMB仍对此感到不满意。
在5月底发布的一份报告中——其宗旨是促使GPEI的行动更进一步，相关人员将该计划阻止疾病暴发的方法称为“退化的”“缓慢的”和“不懂世故的”。除了这些主要原因外，连同对小儿麻痹症工作人员的杀戮和巴基斯坦动乱，2014年阻止小儿麻痹症传播的目标处于“极端风险”之中。“我们遭受了打击。”世界卫生组织（WHO）助理总干事、GPEI负责人BruceAylward说。但他承认5月发布的报告“100%公正”。
严苛的语言背后藏着一个非常现实的问题：即使这些预言是真的，它真的能够阻止每一个没有小儿麻痹症的国家暴发新的疫情吗？
在过去几年中，WHO、美国疾病控制与预防中心（CDC）以及比尔及梅琳达·盖茨基金会一直试图预测此类紧急事件。（这3个组织连同扶轮国际——一个由专业及工商界人士所组成的世界性服务团体，及联合国儿童基金会都是GPEI的成员。）“面临的挑战是，疾病暴发实际是极端稀少事件，但却有很可怕的影响。”英国帝国理工学院流行病学家NicholasGrassly表示。
上述3个组织开发了相关模型，以记录每个国家的两个基础问题：再感染的可能性有多大？疫情暴发会有多严重？同时，CDC小儿麻痹症根除项目负责人GregoryArmstrong解释称，大量变量被加入计算公式。Armstrong团队开发出了该机构的模型。输入病毒引发了之前的暴发吗？如果是这样的话，这些病毒来自哪里？有多少儿童没有充分接种免疫？冲突会阻止疫苗接种队伍开展工作吗？监控系统是否足以立即侦测脊髓灰质炎病毒输入？
直到现在，3个组织提出了彼此不同但有重复的名单。4月，在IMB的推动下，他们聚在一起对彼此的差异进行调和。“没有发生太多冲突。”WHO全球根除小儿麻痹症和研究项目主管HamidJafari说，“人们对这个很有热情。”
位于新红色名单顶部的是饱受战争折磨的中非共和国（CAR），这里毗邻喀麦隆，且疫苗接种率较低。喀麦隆的小儿麻痹症疫情已经超出控制。但乌克兰并没有整理相关名单，尽管IMB在一份报告中对其进行了督促。这里一旦出现疫情暴发将会非常严重，因为其疫苗接种率已经下降，但是模型结果显示，该病毒不太可能在乌克兰登陆。另外，安哥拉最初并没有入选，因为病毒输入风险似乎很低，但当模型研究人员注意到石油工人会频繁来往于安哥拉和赤道几内亚后，事情出现了变化。3月，赤道几内亚出现了小儿麻痹症。（该研究小组排除了中东等地处于危险中的国家，因为大量疫苗公司已经在那里展开行动。）
GPEI知道那些处于风险中的国家需要做什么：例如，开始严格监督致力于让每个5岁以下儿童接种疫苗的项目，确保病毒入侵能尽快被发现，以及提高快速反应能力。GPEI表示，已经在红色名单上的所有国家安排了额外行动。
但是Aylward和其他人注意到，此类行动在红色名单国家可能正遭受质疑，这些国家可能有着贫穷、腐败和暴力的现状。Jafari表示，当已经数年未出现小儿麻痹症后，也很难说服一个国家投入时间和金钱到相关运动中。另外，研究小组也承认疫情暴发可能发生在那些并没有出现在名单上的国家中。
无论如何，IMB认为GPEI能做得更多：它号召该项目建立新的致力于预防疫情暴发的小组，并成立暴发响应小组。成立于2010年的IMB之前就曾严厉批评过该项目，GPEI的职员表示，他们铭记IMB严厉的爱。“我不认为他们希望我们的全部工作从红变绿。”Aylward说。但该项目必须更加努力。