食品经营许可证的办理流程如下：
1、取得个体工商户营业执照；
2、办理健康证和知识培训合格证，一般可以去医院或者当地敬衡防疫站办，最好带上营业执照副本、公章和身份证桥液去；
3、去医院体检后，一般2-3个工作日健康证和知识培训合格证就可以出来了；
4、准备食品经营许可证申请表，可以向当地市场监督管理局咨询下载地址；
5、准备法人身份证复印件、从业人员身份证复印件和健康证；
6、然后制定食品安全管理制度（一般当地市场监督管理局都有模板）；
7、绘制店铺的平面图；
8、提交缴纳税费单据证明，证实你所使用的水是正规自来水公司提供的；
9、把这些资料全部准备好后，去当地市场监督管理局提交（有的地方在政务大厅就可以办理）；
10、资料提交成功之后，市场监督管理局会安排人员来看场地；
11、检查合规之后一般15-20个工作日食品经营许可证就出来了，很多地方都会打电话通知去领取。
办理需要的材料如下：
1、由申请者签署的《食品经营亮消做许可证》申请书1份；
2、营业执照或者其他主体资格证明文件的复印件1份（核对原件）
3、与食品经营相适应的主要设备设施布局平面图或实景照片（不小于4寸，画面清晰可见）、操作流程等文件；
4、保证食品安全有关的规章制度清单；
5、员工身份证双面复印、健康证复印件（核对原件）。
综上所述，食品经营者在工作日内需要到县级以上的地方食品药品监督管理局部
门申请食品检测，管理人员依法对申请人的生产经营场所进行现场核查。
【法律依据】：
《食品经营许可管理办法》第十二条
申请食品经营许可，应当向申请人所在地县级以上地方食品药品监督管理部门提交下列材料：
（一）食品经营许可申请书；
（二）营业执照或者其他主体资格证明文件复印件；
（三）与食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程等文件；
（四）食品安全自查、从业人员健康管理、进货查验记录、食品安全事故处置等保证食品安全的规章制度。
利用自动售货设备从事食品销售的，申请人还应当提交自动售货设备的产品合格证明、具体放置地点，经营者名称、住所、联系方式、食品经营许可证的公示方法等材料。
申请人委托他人办理食品经营许可申请的，代理人应当提交授权委托书以及代理人的身份证明文件。